A menos que fermentados, os grãos de soja eram considerados indigestos pelos chineses antigos. A soja contém inibidores enzimáticos que interferem na digestão de proteínas no corpo humano. A absorção de cálcio, magnésio, ferro e zinco é bloqueada pelo ácido fítico da soja. Fitoestrogênios nas isoflavonas da soja têm efeitos hormonais. Adicione pesticidas necessários para cultivar soja e contaminação durante a produção de proteína isolada de soja, e os perigos começam a se acumular.
A proteína isolada de soja é o ingrediente principal em fórmulas infantis de soja, alguns leites de soja e substitutos de carne. Segundo a nutricionista Sally Fallon, autora de "Tradições Nutritivas: O Livro de Receitas que Desafia a Nutrição Politicamente Correta", a fabricação de proteína isolada de soja envolve lavagem ácida em tanques de alumínio que lixiviam altos níveis de alumínio no produto final. Nitritos são formados durante a secagem por spray, e numerosos aromatizantes artificiais, incluindo MSG, são adicionados para melhorar o sabor. Esses produtos químicos estão associados ao desenvolvimento de Alzheimer, câncer e reações alérgicas graves.
As isoflavonas na proteína isolada de soja são principalmente genisteína, daidzeína e gliciteína, que são fitoestrogênios. Fitoestrogênios são substâncias vegetais que têm efeitos semelhantes a hormônios no corpo humano. O Programa Nacional de Toxicologia concluiu recentemente que há risco mínimo (apenas risco insignificante é uma categoria menos séria) para bebês alimentados exclusivamente com fórmula de soja. As preocupações baseiam-se em estudos em animais que mostram diferenças no desenvolvimento mamário, idade de início da puberdade e tamanho da abertura vaginal com dieta à base de soja. O painel de toxicologia admite que bebês são mais vulneráveis que crianças maiores e adultos, e que os resultados das práticas de alimentação podem não ser conhecidos por anos.
Fitoestrogênios têm sido implicados no crescimento mais rápido de células de câncer de mama. No entanto, um estudo recente publicado no Journal of the American Medical Association descobriu que uma ingestão de até 11 gramas de alimentos de soja é segura e pode até ser benéfica para mulheres com histórico de tratamento de câncer de mama. O estudo foi conduzido com mulheres asiáticas que consomem principalmente alimentos de soja fermentados, não proteína isolada de soja concentrada. A controvérsia sobre câncer de mama e fitoestrogênios provavelmente continuará.