O consumo excessivo de eritritol pode causar inchaço e gases, embora o corpo tenha dificuldade em digeri-lo, tornando esses sintomas mais leves que com outros álcoois de açúcar.
Consumidores frequentes relatam efeito laxativo. A maioria tolera até 1 grama sem problemas, pois o eritritol não é digerido no intestino grosso como outros polióis. Efeitos colaterais são mais comuns em pessoas com Síndrome do Intestino Irritável.
Alergias ao eritritol são raras, mas podem causar urticária e inchaço.