Muitos consumidores sentem que não podem pagar alimentos orgânicos, enquanto outros se perguntam se os benefícios à saúde justificam o custo maior. Conclusões científicas variadas complicam o debate, mas certos resultados podem ajudar consumidores a tomar decisões informadas.
É difícil julgar definitivamente se agricultura orgânica ou convencional é melhor, parcialmente porque "convencional" é usado amplamente, enquanto "orgânico" cai sob parâmetros estritos. Fazenda convencional pode ser grande operação industrial ou pequena fazenda familiar. Esta última pode praticar agricultura orgânica sem ser certificada.
Nos EUA, alimentos orgânicos não podem ser tratados com pesticidas e herbicidas sintéticos, enquanto agricultores convencionais são limitados a produtos aprovados pelo governo para matar ervas daninhas e pragas. Estudo de 1998 por S.H. Zahm e M.H. Ward do Occupational Epidemiology Branch do National Cancer Institute ligou pesticidas a cânceres infantis.
Alguns alimentos são geneticamente modificados para produzir maiores rendimentos e certas características genéticas. Vegetais orgânicos não podem ser geneticamente alterados, mas produtos cultivados convencionalmente podem. Efeitos de longo prazo de alimentos GM são desconhecidos, mas estudo francês de 2005 por pesquisadores de 3 instituições mostrou toxicidade hepática e renal e outros efeitos negativos em ratos alimentados com milho GM.
Nenhum aditivo pode ser usado em alimentos orgânicos após colheita, enquanto produtos convencionais podem usar aditivos aprovados pelo governo. Como USDA não especifica quais aditivos podem ser usados, o quadro no final do artigo fornece efeitos colaterais de aditivos alimentares comuns.
Segundo o USDA, alimentos orgânicos têm, em média, níveis mais altos de minerais traço, vitamina C e fitonutrientes antioxidantes que seus equivalentes cultivados convencionalmente.