A espécie Lactobacillus acidophilus produz substâncias antimicrobianas (acidofilina, bacteriocina, acidolina, lactocidina). É fonte de lactase e vitamina K, segundo a Mayo Clinic. Supositórios vaginais de L. acidophilus são eficazes contra vaginose bacteriana. Outra espécie, Lactobacillus GG, mostrou-se segura e eficaz no tratamento de diarreia em lactentes e crianças. A Mayo Clinic também afirma que L. acidophilus pode auxiliar no tratamento de diarreia persistente ou crônica.
Lactobacillus tem sido usado no tratamento de inflamação do cólon, síndrome do intestino irritável (SII) e doença de Crohn (WebMD). Infecções por fungos vaginais e urinárias também são tratadas com Lactobacillus. Alguns centros de dia usam para prevenir infecções respiratórias em crianças. Topicamentre, trata acne, herpes labial e aftas. Também usado para reforçar imunidade, intolerância à lactose, urticária, colesterol alto e doença de Lyme.
De 1 a 10 bilhões de bactérias viáveis (vivas) de Lactobacillus, em doses divididas diariamente, costuma ser suficiente. A potência varia entre produtos; siga as instruções do fabricante. Segundo a Mayo Clinic, efeitos colaterais são poucos nas doses recomendadas. Gases ou desconforto abdominal são os mais comuns, mas geralmente desaparecem com o uso contínuo.