As vantagens do uso da eletroforese em gel

A eletroforese em gel é um processo para separar fitas de DNA empurrando-as através de um gel colocado em uma mesa aquecida (e coberta). A porosidade do gel faz com que fragmentos maiores se separem primeiro, enquanto fragmentos menores continuam através do gel. Desde seu primeiro uso experimental na década de 1930, a eletroforese em gel foi refinada com o uso de diferentes tipos de gel. Começando com géis de sacarose e amido, a separação de DNA em eletroforese aumentou muito com o uso moderno de géis de agarose e acrilamida. Com o desenvolvimento da eletroforese capilar, certas vantagens e desvantagens tornaram-se claras para ambos os métodos.

Gel de agarose

O gel de agarose é facilmente preparado e as amostras podem ser recuperadas com facilidade. O gel também é altamente modificável para aumentar a separação entre moléculas de DNA grandes e pequenas. Por ser feito a partir de um açúcar presente em algas marinhas, a agarose é mais barata que alternativas e um gel mais seguro para uso em eletroforese.

Gel de acrilamida

Como a agarose, a acrilamida é fácil de modificar. Com maior capacidade de carga, pode rodar mais amostras simultaneamente. Sua principal vantagem sobre a agarose é que a acrilamida tem poros menores, sendo mais adequada para separar moléculas de DNA menores que o gel de agarose não conseguiria separar. No entanto, a formação de bolhas é um problema maior para a acrilamida, e, como a acrilamida é uma neurotoxina, pode ser muito perigoso trabalhar com ela.

Eletroforese capilar

Como o calor se dissipa rapidamente no polímero, a eletroforese capilar leva menos tempo que os géis: minutos contra horas. Além disso, como os resultados são monitorados eletronicamente, todo o processo pode ser automatizado. No entanto, a eletroforese capilar não pode rodar tantas amostras ao mesmo tempo quanto os géis, e as máquinas (com preço acima de US$ 100.000 por unidade) e reagentes custam substancialmente mais que o método de separação em gel, então a maioria dos laboratórios não tem acesso à tecnologia.