O processo de remoção da cafeína dos grãos robusta aumenta o nível de acidez, o que pode contribuir para agravar a doença do refluxo gastroesofágico (DRGE), azia ou úlceras estomacais. Pessoas diagnosticadas com essas condições devem reduzir o consumo de café descafeinado.
Os óleos naturais produzidos durante o processamento do grão descafeinado contêm diterpenos, substâncias químicas que estimulam a produção de ácidos graxos e podem aumentar o risco de ataque cardíaco em indivíduos suscetíveis. O café descafeinado eleva o LDL (colesterol ruim) naqueles predispostos.
Os ácidos do café descafeinado podem contribuir para o aparecimento precoce da desmineralização óssea (osteoporose) e afetar negativamente as articulações, aumentando o risco de artrite reumatoide. Por outro lado, consumir chá nas mesmas quantidades do café descafeinado diário reduz significativamente esses riscos.
A alta acidez do café descafeinado aumenta a pressão intraocular atrás dos olhos, elevando o risco de desenvolver (ou agravar) glaucoma em pessoas diagnosticadas com a condição. Se não tratado, o glaucoma pode levar à cegueira prematura e permanente.
O café descafeinado pode conter vestígios do aditivo químico cloreto de metileno, utilizado para solidificar e remover a cafeína. Esta substância não só tem efeitos nocivos no sistema nervoso central, como está associada a vários cânceres de pulmão, estômago e intestinos.