Proteínas scaffold (ou proteínas de andaime) são proteínas sintéticas que controlam a forma como as proteínas sinalizam mensagens a nível celular e permitem que essas proteínas se juntem e interajam. Elas conectam os elementos de sinalização de diferentes proteínas, confinam esses elementos a áreas como a membrana celular, garantem que a mensagem da proteína correta seja "ouvida" por outras proteínas e coordenam o feedback.
As proteínas scaffold pegam componentes de sinalização de diferentes proteínas e os combinam em complexos. Parte dessa função inclui aproximar componentes semelhantes para tornar a comunicação mais eficiente. Algumas proteínas precisam de mensagens de várias outras proteínas para se ativar, e as proteínas scaffold podem canalizar essas mensagens juntas em um único sinal.
Algumas enzimas podem inativar processos de comunicação que precisam permanecer ativos. Os scaffolds podem proteger esses processos bloqueando a atividade enzimática (fosfatases são um exemplo) e mantendo a sinalização de proteína para proteína.
Feedback positivo e negativo de uma proteína pode inibir atividade importante ou ativar atividade indesejável em outras proteínas. Os scaffolds podem conectar todas as três quinases para refinar a mensagem proveniente da proteína em um único canal, eliminando feedbacks extraneous.
Os scaffolds também podem mover sinais semelhantes juntos, aumentando sua força. Proteínas âncora do tipo AKAP, por exemplo, movem a proteína quinase (PKA) para sítios celulares específicos para manter os níveis de PKA regulados em um nível ótimo para operação nos níveis celular e orgânico.