Produtos de soja e derivados estão amplamente dispersos nos alimentos que comemos diariamente. Óleo de soja, proteínas e extratos são adicionados a muitos alimentos, enquanto hambúrgueres de proteína de soja, "carnes", gelado e leite são comumente usados para substituir carne e laticínios em dietas vegetarianas e veganas. Produtos de soja fermentados como tempeh, miso e molho de soja são regularmente consumidos na Ásia e não parecem ter efeitos colaterais prejudiciais. Embora não tenha havido estudo extensivo sobre os perigos da soja não fermentada, pesquisas preliminares mostram vários perigos possíveis de produtos de soja não fermentados.
A soja contém grandes quantidades de fitoestrogénios que, segundo SoyOnlineService, são inibidores da tireoide e levam ao desenvolvimento sexual precoce de meninas e subdesenvolvimento de meninos quando usados em fórmulas para bebés. SoyOnlineService explica ainda que bebés alimentados exclusivamente com fórmula de soja têm mais de 20 mil vezes os níveis de estrogénio nos seus corpos que bebés alimentados com fórmula à base de leite — esta é a quantidade equivalente de estrogénio a tomar cinco pílulas anticoncecionais por dia.
Segundo Food Renegade, a soja é um potente goitrogénico ou supressor da tireoide. Goitrogénios impedem a tireoide de aceder às quantidades necessárias de iodo e frequentemente causam falha da tireoide. Segundo SoyOnlineService, hipertireoidismo e câncer de tireoide estão ligados a produtos de soja não fermentados, assim como doença tireoidiana autoimune.
A maioria das leguminosas e grãos contêm fitatos (ácidos fíticos), mas a soja contém quantidades muito maiores de fitatos que outros grãos e leguminosas. Além disso, o método normal de reduzir fitatos em grãos (cozimento longo e lento) não tem o mesmo efeito nos grãos de soja. Como afirmado na Nexus Magazine, fitatos bloqueiam a absorção de minerais essenciais pelo corpo — estes incluem magnésio, cálcio, zinco e ferro. Fermentação (a forma tradicional asiática de preparar produtos de soja) reduz significativamente fitatos na soja, mas a maioria dos produtos de soja modernos não são fermentados — mesmo tofu moderno não é fermentado e contém altos níveis de fitato. Comer produtos de soja junto com alimentos ricos em proteína como caldo de peixe ou carne reduz o impacto dos fitatos, mas geralmente produtos de soja como tofu são consumidos como substitutos de carne e contribuem para deficiências minerais.
Segundo Food Renegade, a soja é um inibidor enzimático digestivo — nomeadamente a enzima proteica chamada tripsina. Enquanto segundo KidsHealth.org a soja é uma boa fonte de proteína, sem níveis apropriados de tripsina no sistema digestivo, a proteína não pode ser absorvida. Deficiência de tripsina tem sintomas como cãibras, diarreia e sangramento, e segundo SoyOnlineService, inibidores de tripsina também contribuem para distúrbios do pâncreas. Em animais testados com soja, os inibidores de tripsina causaram crescimento atrofiado.