Quando grandes números de animais de criação são mantidos em locais confinados, podem contrair a bactéria sem sintomas externos. A bactéria é liberada através de seus resíduos, que frequentemente são usados para fertilizar campos de produtos, levando a bactéria aos tomates. Embora o calor usado na compostagem do esterco mate a maioria das bactérias, muitas ainda sobrevivem e podem ser transferidas para produtos como tomates.
Suprimentos de água contaminados são outra causa de salmonela em tomates. Lagoas de resíduos com vazamento e água de escoamento de pastagens podem contaminar água subterrânea, riachos ou outras fontes usadas por agricultores para irrigação. Por exemplo, investigação do FDA revelou esta como causa provável do surto de 2002 de salmonela em melões cantalupo mexicanos importados.
Animais selvagens que passam pelas culturas podem contaminar os campos com suas próprias fezes ou com o que trazem de outros lugares. Por exemplo, o surto de E. coli em espinafre em 2006 foi rastreado a uma matilha de javalis vagando pelos campos com esterco de vaca contaminado nos cascos.
Embora a regra seja lavar todos os produtos com água clorada para remover bactérias, às vezes o suficiente permanece para causar doença. Também se a pele do tomate for perfurada durante colheita ou venda, permite que bactérias entrem. É por isso que tomates na videira foram isentos do último susto de surto de salmonela.
Outra forma de salmonela entrar nos tomates é através de diferença de temperatura. Frequentemente tomates são colhidos em dias muito quentes e colocados em água fria para esfriar. Isso causa qualquer salmonela em sua superfície a ser sugada para dentro do produto.