A semente da FDA foi plantada em 1848, quando o Escritório de Patentes contratou o cientista Caleb Beck para analisar produtos agrícolas. Em 1862, o governo dos EUA criou sua própria versão dessa profissão, fundando o Departamento de Agricultura.
A FDA ganhou força como entidade com a Lei de Alimentos e Medicamentos Puros de 1906. A lei culminou 25 anos de lobby para aprovar cerca de 100 novas legislações. Objetivo: proteger consumidores de abusos de produtores, como rotulagem enganosa e produtos perigosos.
Atualmente, a agência abrange todo o país e vasta gama de produtos de consumo. Em outubro de 2009, empregava cerca de 11.500 pessoas em áreas como ciência veterinária, tabaco, medicamentos, equipamentos médicos e segurança alimentar.