O termo enxaqueca deriva do grego hemicrania (hemi- "metade" + kranion "crânio"), refletindo a apresentação clássica de cefaleia unilateral (de um lado). A palavra evoluiu através do latim tardio hemicrania → francês antigo migraigne → inglês médio migraine.
Embora "hemicrania" seja a raiz etimológica, o termo médico moderno é enxaqueca. A Classificação Internacional de Cefaleias (ICHD-3) usa "enxaqueca" para o distúrbio (códigos 1.1–1.6). "Hemicrania contínua" é um distúrbio primário de cefaleia distinto (dor unilateral contínua responsiva à indometacina).