O efeito colateral mais comum de Lactobacillus acidophilus é desconforto no trato digestivo: gases, inchaço, cólicas. Doses menores podem minimizar; a dor costuma diminuir com o uso contínuo. Mulheres que usam comprimidos vaginais podem sentir ardor.
A Mayo Clinic relata infecção de válvula cardíaca como efeito raro, mas grave. Pessoas com válvulas artificiais têm maior risco. Imunocomprometidos (quimioterapia, transplantes recentes) podem desenvolver infecções sanguíneas.
Segundo a Truestar Health, acidophilus pode aumentar vitaminas do complexo B (ácido fólico, B6, niacina, biotina). Geralmente benéfico, exceto se houver condições sensíveis a essas vitaminas.
Alguns antibióticos (penicilina, azitromicina, amoxicilina) podem ter eficácia alterada. Consulte farmacêutico antes de combinar acidophilus com medicamentos prescritos.