Os sintomas dolorosos incluem cólicas menstruais intensas, dor durante a relação sexual, dor lombar dias antes da menstruação, dor retal ou ao evacuar.
Entre 20% e 40% das mulheres com endometriose enfrentam dificuldade para engravidar; em alguns casos, esta é a única manifestação da doença.
Pode haver sangue na urina ou fezes, spotting pré-menstrual ou sangramento vaginal após a relação sexual.
Os sintomas costumam piorar logo antes ou durante a menstruação, embora algumas mulheres os sintam continuamente.
Adenomiose, miomas uterinos e dismenorreia (menstruação dolorosa) podem apresentar quadro parecido, exigindo diagnóstico diferencial.