A papaína provém da árvore do mamoeiro e é uma das enzimas proteolíticas mais populares devido ao seu imenso valor comercial. É usada para diversas funções: amaciar carne, desbridar feridas em hospitais, coagular leite, medicamento para indigestão, tratamento de lã contra encolhimento, e no tratamento de picadas de água-viva e insetos, deformação de cicatrizes corneanas, edemas e processos inflamatórios. Desde 1750 a presença e benefícios das proteases no fruto do mamoeiro são documentadas. Na década de 1870, a importância das enzimas encontradas no mamoeiro passou a ser usada para funções alimentares e médicas.
A papaína é uma enzima barata e de fácil produção — moléculas complexas que aceleram reações químicas nas células. Embora algumas pessoas sejam alérgicas, a maioria foi tratada com sucesso para úlceras, teve inchaço reduzido e até recebeu derivados de papaína injetados em discos vertebrais protruídos ou nervos comprimidos. Se ingerida, a papaína tem efeito calmante no estômago e auxilia na digestão de proteínas. Porém, isso vale apenas para a enzima em si, não para medicamentos como Papaína Foam, Allanzyme, Kovia ou Papfyll, que não são para digestão. A enzima atua quebrando pele morta e pus, acelerando recuperação de feridas abertas. Também reduz inflamação e odor de feridas.
A planta do mamoeiro e seus frutos contêm duas enzimas: papaína e quimopapaína. A quimopapaína é encontrada em maior quantidade, mas a papaína é 200% mais potente. Em 1933, o Sri Lanka era o maior fornecedor comercial de papaína, mas em cinco anos a África Oriental iniciou produção comercial e é atualmente o maior fornecedor mundial.
Por séculos, povos usaram o mamoeiro e suas folhas na medicina popular. Aplicavam em furúnculos, verrugas e sardas. Há registros na Índia e Gana de aplicação no útero para provocar abortos. O fruto verde e sementes eram ingeridos para aborto. As raízes tratavam vermes redondos. Folhas eram enroladas na carne para amaciá-la, usadas como sabão, secas e fumadas para aliviar asma.
A papaína é considerada uma "cura-tudo" a ponto de, no mesmo país, ser vendida em lojas de produtos naturais como chá, purgante, tratamento para afecções geniturinárias e auxílio em abortos.
Nos Estados Unidos, a FDA advertiu empresas a pararem de comercializar produtos tópicos contendo papaína até o final de 2008, devido a relatos de perda permanente de visão, quedas severas de pressão arterial e aumento da frequência cardíaca.