Os medicamentos para EM dividem-se em três categorias amplas: fármacos para surtos (reduzem duração e gravidade), drogas modificadoras da doença e medicamentos para sintomas específicos (não para a doença em si).
O tratamento mais comum para encurtar duração e intensidade do surto baseia-se em corticosteroides (ex: metilprednisolona). Não afetam a progressão a longo prazo, mas ajudam a passar pelo surto com menos desconforto. Outras opções: imunoglobulina intravenosa, ACTH intramuscular e troca plasmática (tratamento não farmacológico).
Modulam a atividade do sistema imune, reduzindo número e intensidade dos ataques à mielina. Eficazes na EM remitente-recorrente e progressiva secundária. Não há terapia comparável para EM progressiva primária. Exemplos: acetato de glatirâmer (Copaxone), interferon beta (Avonex, Betaseron, Rebif), mitoxantrona (Novantrone), natalizumabe (Tysabri).
Como a EM atinge o SNC, desencadeia diversos sintomas tratados com medicações específicas: fadiga, insônia, rigidez muscular, tremores, disfunção sexual, depressão, dor, problemas urinários, constipação. Exemplos: amantadina (fadiga); desipramina ou fluoxetina (depressão); sildenafil (disfunção sexual); baclofeno, carbamazepina ou gabapentina (dor); propantelina, oxibutinina ou tolterodina (problemas urinários).
Em 2009, a Chemical & Engineering News relatou ensaios clínicos com mais de 10 novos fármacos para EM. A maioria projetada para uso oral (não injetável). "A maioria são moléculas pequenas que ajustam finamente a modulação imune, outras visam reparar danos no SNC", reportou Lisa M. Jarvis.