Embora a maioria das pessoas esteja confortável em compartilhar dados pessoais como hobbies na internet, muitas são cautelosas com a ideia de banco de dados eletrônico contendo suas informações de saúde pessoais. Declan McCullah explica na CNET.com que um banco de dados nacional com prontuários de todos os americanos poderia ser implementado como resultado do pacote de estímulo de 2009. Manter prontuários médicos computadorizados tem vantagens e desvantagens.
Preocupações claras de privacidade surgem com registros computadorizados. Como evidenciado no escândalo "Climategate", onde hackers russos invadiram arquivos eletrônicos de cientistas climáticos, informações pessoais podem cair em mãos erradas. Assim como ocorre com informações financeiras, criminosos podem tentar obter tratamento médico usando informações de seguro de outra pessoa.
Além disso, registros computadorizados geram preocupações de uma sociedade "Grande Irmão" onde o governo monitora cidadãos de perto. Registros em banco de dados governamental provavelmente conteriam informações pessoais como gênero, etnia e condições pré-existentes.
Prontuários computadorizados poderiam ser usados para discriminar potenciais funcionários. Assim como muitas empresas solicitam verificação de crédito para avaliar acuidade financeira, e se pudessem solicitar prontuários médicos para determinar estado de saúde?
James M. Humber e Robert Almeder descrevem essa preocupação no livro "Privacidade e Assistência Médica": aparentemente, mais de um terço das empresas Fortune 500 usavam prontuários médicos para decisões de contratação. Em outro caso, um banqueiro exigiu pagamento antecipado de empréstimo ao descobrir via busca em prontuários computadorizados que seu cliente tinha câncer.
Médicos perdem tempo e recursos preciosos recuperando informações médicas manuscritas e dispersas. Prontuários computadorizados fornecem informação imediata necessária para tratar pacientes. Em emergências, a capacidade de recuperar registros instantaneamente pode ser a diferença entre vida e morte. Ex: enfermeira acessa prontuário de paciente inconsciente e vê alergia a certo medicamento, evitando seu uso.
Embora tecnologia da informação seja cara para implementar, a economia a longo prazo pode ser grande. Além de economizar espaço físico removendo armários de arquivos, custos reduzidos virão de menos exames e menos burocracia. Prontuários computadorizados criam uma folha legível e uniforme acessível em qualquer lugar do mundo.
A Academia Nacional de Engenharia e Instituto de Medicina no livro "Building a Better Delivery System" nota que o Brigham and Women's Hospital economiza US$ 5 a 10 milhões anualmente usando sistema de entrada computadorizado. Redução de custos deve-se a menos exames laboratoriais e de medicamentos, além de erros de prescrição reduzidos.