O cloro é usado em piscinas para matar bactérias, algas e outros microrganismos. No entanto, não é isento de problemas. O cloro reage com certos materiais orgânicos e causa reações alérgicas. Funciona melhor quando o equilíbrio de pH de uma piscina está num nível ótimo.
O bromo é usado em centros de massagem e spas pela sua tolerância a altas temperaturas e níveis de pH. Tem uma estrutura química semelhante ao cloro, pois pertence à mesma família de químicos. O bromo é usado como desinfetante em piscinas como substituto do cloro.
Segundo "Drinking Water and Health — Volume 2", um jornal publicado pela Assembleia de Ciências da Vida (EUA) Água Potável Segura, o bromo é usado para prevenir o crescimento de bactérias, algas e odores na água de piscinas. O bromo dissolve-se três vezes melhor em água que o cloro. Não são necessários gases nocivos para a sua produção. O bromo não liga fortemente, o que limita a sua atividade na água. A concentração de resíduo deixada por desinfetantes de bromo é baixa e não requer substâncias separadas para remover. O bromo está disponível na forma de comprimidos e requer um brominador (ou dispensador de bromo) para sifonar o bromo para a piscina.
Os persulfatos (ou choque sem cloro) são alternativas de sanitização ao cloro que são eficazes a matar bactérias nocivas. Não são apenas eficazes a matar algas; os persulfatos "choqueiam" uma piscina para decompor contaminantes nocivos e resíduos de banhistas (resíduos orgânicos produzidos pela transpiração, como óleo). Choque sem cloro é usado em spas e piscinas interiores. Os persulfatos custam aproximadamente 40 por cento mais que o cloro e maiores quantidades têm de ser usadas. São eficazes a decompor contaminantes de piscina a átomos microscópicos, funcionando portanto como um tipo de filtro químico. Os persulfatos estão disponíveis em forma de saquetas e comprimidos.
O cobre e a prata são elementos naturais que removem eficazmente algas, bactérias e outros resíduos da água de piscinas. O cobre é eficaz no tratamento de algas mas remove um resíduo indesejável após remover contaminantes bacterianos. Segundo a Enciclopédia de Tecnologia Química: Ligas de Cobre a Destilação, cobre e prata têm sido usados há séculos para prevenir o crescimento de conchas e algas. Os Vikings aplicavam cordas de cobre nos seus navios para impedir espécies marinhas de crescer nas paredes dos seus navios. Moedas de prata eram mergulhadas em água para melhorar a qualidade da água. A ionização cobre-prata é uma alternativa popular para desinfeção com cloro nos Estados Unidos.