Probióticos podem conter contaminantes. Como fabricantes obtêm "culturas vivas" de várias partes do mundo com processos diferentes, substâncias estranhas podem incluir metais, pesticidas e bactérias nocivas.
Segundo o National Center for Complementary and Alternative Medicine, pode-se contrair infecção pelo uso de probióticos, especialmente com sistema imunológico comprometido. Pessoas com condições crônicas, doenças graves subjacentes e recém-nascidos devem ter cautela. A superestimulação do sistema imunológico pode ocorrer em algumas pessoas com resultados desconhecidos.
Além disso, é difícil determinar a dosagem adequada para cada indivíduo. Segundo a Dra. Mary Ellen Sanders, não existe dose única prescritível, pois há muitas cepas diferentes de bactérias benéficas. Isso dificulta definir uma dose segura e eficaz.
Segundo a Dra. Mary Ellen Sanders, análises independentes mostraram que probióticos não necessariamente contêm o número ou a cepa exata de bactérias vivas listada no rótulo. Às vezes, as bactérias estão mortas e não trazem benefício, segundo o Bastyr Center for Natural Health. Como não há agência reguladora monitorando ou determinando como avaliar alegações de saúde de probióticos, não se sabe quais alegações são legítimas.
O modo de preparo também impacta a eficácia. Mesmo a mesma cepa pode apresentar resultados variados se o preparo for alterado, segundo o National Center for Complementary and Alternative Medicine.
Como contêm bactérias vivas, muitos probióticos precisam de refrigeração. A duração da eficácia é debatida. O site Women to Women sugere comprar frascos menores e refrigerar mesmo se o produto não exigir.
Alimentos probióticos podem ser afetados por temperatura de armazenamento, exposição ao oxigênio, teor de sal, exposição à luz e mais, segundo a Danisco, empresa internacional.
Embora não perigosos, probióticos podem ter efeitos colaterais incômodos: inchaço, gases, dores de cabeça, constipação e flatulência. O Acidophilus, em particular, pode causar inchaço, diarreia, gases ou piora temporária dos sintomas. Até o corpo se acostumar, pode haver questões digestivas únicas, que devem diminuir com o uso contínuo.