As amígdalas são órgãos linfáticos importantes que ajudam o corpo a combater infecções bacterianas, removendo invasores da garganta. Às vezes, as células englobadas "se revoltam" e atacam as próprias amígdalas, causando a amigdalite.
Existem vários conjuntos de amígdalas na região da faringe: amígdalas linguais, tubais, faríngea (adenoide) e as maiores, as amígdalas palatinas, localizadas no fundo da cavidade oral, as mais propensas a infecção.
Durante o desenvolvimento infantil, o sistema imunológico está aprendendo a combater infecções. As amígdalas coletam bactérias e criam células de memória imune. Por isso, a amigdalite é frequente em crianças.
Vírus como o Epstein-Barr (causador da mononucleose) podem infectar as amígdalas, formando pus que pode se espalhar pela corrente sanguínea.
Menos comum, o acúmulo de bactérias filtradas pela garganta pode causar amigdalite. O Streptococcus do grupo A (causador da faringite estreptocócica) é um agente frequente.