O corpo humano abriga mais células bacterianas que células humanas (proporção ~100:1). A sobrevivência depende dos milhões de bactérias na pele, nariz, boca e trato digestivo. A boca contém no mínimo 25 espécies; uma gota de saliva pode ter 40 milhões de células bacterianas (Universidade da Carolina do Norte).
Bactérias naturais são base da indústria de probióticos (lactobacilos, bifidobactérias). A flora intestinal auxilia na digestão, impede o crescimento de patógenos e previne diarreia e desconforto gástrico. Desequilíbrios causam doenças.
Bactérias benéficas limpam toxinas do sangue, promovem imunidade saudável e produzem vitaminas essenciais. Estudos mostram que Bacillus subtilis estimula células imunes a produzir anticorpos contra vírus e bactérias nocivas, abrindo caminho para terapias baseadas em bactérias.
Queijos, embutidos, chucrute, cacau, café dependem de bactérias fermentadoras para sabor. Leveduras (bactérias) em pães, iogurtes e lácteos fermentados reduzem deterioração e melhoram tolerância à lactose. Ácido láctico dá textura ao queijo.
Bactérias decompõem fertilizantes, convertem nitrogênio em nitratos absorvíveis pelas plantas. Rizobactérias estimulam crescimento; litotróficos degradam poluentes usando compostos de nitrogênio, enxofre, ferro e hidrogênio.
Bactérias produzem metano (gás natural) decompondo matéria orgânica morta em ambientes anóxicos (fundos de pântanos/lagos). Responsáveis pela decomposição natural. Espécies como Alcanivorax (uma de 16 conhecidas em 2010) consomem petróleo, ajudando na limpeza de vazamentos.