Biodiesel é considerado fonte alternativa de combustível favorável ao meio ambiente. Embora não libere gases de efeito estufa e seja renovável, existem desvantagens no processo de fabricação.
Custo de produzir biodiesel é muito maior que diesel de petróleo. Segundo cpast.org, biodiesel é cerca de 150% mais caro. Altos custos resultam da quantidade de soja usada. Grão de soja contém apenas 20% de óleo, portanto grandes quantidades são necessárias para produzir pequena quantidade de biodiesel.
Tentando criar combustível mais econômico e renovável, usamos muito mais energia na produção de biodiesel. Processo consome quantidades gigantescas de energia para produzir biodiesel da soja. Além disso, recursos adicionais necessários para cultivar e colher soja.
Produção de biodiesel é desafiadora: muitos detalhes e quase nenhuma margem de erro. Pequeno erro leva a biodiesel totalmente diferente. Biodieséis têm diferentes blends para veículos e temperaturas diferentes. Pequena flutuação na composição faz grande diferença na qualidade; difícil fornecer qualidade consistente. Produtores tentam resolver seguindo diretrizes ASTM (Sociedade Americana para Testes e Materiais).
Alta demanda de soja para biodiesel pode aumentar preços de vegetais. Para evitar que biodiesel encareça culturas, haverá dois campos distintos para produção de soja. Se necessidade de biodiesel subir, agricultores não terão terra suficiente para expandir e cultivar tantas culturas. Mesmos agricultores não conseguiriam cultivar tanto para consumo alimentar quanto para indústria, levando inevitavelmente a escassez de alimentos e inflação.