O objetivo de um desinfetante é destruir, neutralizar ou inibir o crescimento de bactérias em superfícies que não a pele. Diferentes desinfetantes alcançam este resultado de formas distintas.
Os álcoois tornam os lipídios da membrana celular externa de cada bactéria mais solúveis em água, fazendo com que a membrana perca integridade estrutural e se desintegre. Com a desintegração da membrana, o álcool entra na célula, desnaturaliza proteínas e interrompe muitas funções vitais da bactéria.
O formaldeído alquila (adiciona grupo alquil) os grupos amino e sulfidrila das proteínas e átomos de nitrogênio das bases purínicas, alterando a síntese de RNA, DNA e proteínas.
O glutaraldeído alquila grupos sulfidrila, hidroxila, carboxila e amino, causando disrupções na síntese semelhantes às do formaldeído.
Peróxidos (como peróxido de hidrogênio e peróxido de benzoíla) geram radicais livres hidroxila destrutivos que atacam lipídios de membrana, DNA e outros componentes celulares essenciais. Uma bactéria vaginal natural, Lactobacillus jensenii, produz peróxido de hidrogênio e ajuda a inibir a transmissão de infecções do trato urinário.
O fenol penetra e desestabiliza a parede celular e precipita as proteínas celulares. A morte bacteriana segue-se à inativação de sistemas enzimáticos essenciais e vazamento de metabólitos essenciais para fora da parede celular.