Em sistemas sépticos convencionais, resíduos percolam pelo solo e são entregues livres de patógenos às águas subterrâneas. Se a água subterrânea estiver muito próxima da superfície, patógenos nos resíduos podem contaminá-la. Projetos adequados de sistemas sépticos podem diminuir ou eliminar o perigo de contaminação.
Sistemas sépticos reciclam águas residuais domésticas, purificando-as e devolvendo-as ao solo e águas subterrâneas próximas. Isso dispõe de resíduos humanos e repõe nutrientes e água de forma segura e útil. Este método só é eficaz se a água subterrânea — usada para beber e irrigação — estiver suficientemente abaixo da superfície para permitir tempo de tratamento adequado.
Se sistemas sépticos são construídos muito próximos à água subterrânea, bactérias nocivas e organismos nos resíduos não terão tempo suficiente para serem tratados por bactérias aeróbicas e anaeróbicas no solo. Tratamento incompleto permite que patógenos contaminem a água subterrânea, tornando-a prejudicial a humanos e animais.
Para evitar contaminação, níveis de água subterrânea devem ser determinados e sistema séptico apropriado instalado. Alternativas incluem: sistema com campos de drenagem em monte acima do nível do solo; instalação de filtros adicionais de turfa ou areia em sistema tradicional; vasos sanitários de compostagem e incineração. Vasos incineradores queimam resíduos e transformam em cinza estéril.