Nem tudo "natural" é inofensivo. Existem perigos associados a vários suplementos dietéticos no mercado. Vitaminas e minerais benéficos em doses adequadas podem ser perigosos em excesso.
Alguns suplementos interferem na absorção de medicamentos. Exemplo: Hypericum (erva-de-são-joão), usado para depressão, pode reduzir efeito de anticoagulantes, pílulas anticoncepcionais e outros.
Suplementos que prometem energia, emagrecimento ou aumento de libido podem prejudicar o coração direta ou indiretamente elevando pressão arterial. Exemplos: yohimbe e efedra.
Alguns suplementos ligados a danos renais ou hepáticos, especialmente em doses altas: consolda (comfrey), kava, óleo de pennyroyal e megadoses de ferro.
Vitaminas hidrossolúveis são excretadas em excesso, mas lipossolúveis (A, D, E) acumulam-se no corpo, causando sintomas de náusea a danos neurológicos.
Suplementos com megadoses de minerais podem ser tóxicos. Excesso de selênio causa envenenamento: náusea e fraqueza muscular.