Prótons estão no núcleo de toda célula animal. Muitos usos em e no tecido animal. Às vezes atuam como condutores através da membrana de organela celular; essa condução produz efeitos que auxiliam metabolismo de resíduos e consumo de oxigênio. Também são componentes de tecnologia médica.
Prótons usados em radioterapia para certos cânceres. Como ações imitam raios-X, tratam tumores muito próximos a estruturas críticas do corpo. Prótons de alta energia adequados para radioterapia altamente localizada. Usados para cânceres específicos: melanoma ocular, sarcoma na base do crânio, cordomas. Podem distribuir doses maiores de radiação que pacientes receberiam de outra forma.
Pesquisadores encontraram mecanismos de bomba de prótons em membranas de lisossomos de células animais. Lisossomos são organelas que decompõem resíduos do corpo e da célula. Segundo Eric Holtzman (Columbia University), lisossomos acidificam-se no processo de eliminação de resíduos; acidificação catalisada por bomba de prótons na membrana que transloca prótons. Bombas encontradas em células renais e hepáticas de animais, vacúolos de células vegetais, leveduras e fungos.
Mitocôndrias são outra organela. "Usina de energia da célula", produzem ATP (substância que cria energia). Vazamento de prótons mitocondrial é parte importante do processo metabólico em animais e pode responder por 1/3 ou 1/4 do metabolismo padrão de animais menores (ratos). Condução de prótons através da membrana interna auxilia consumo de oxigênio na célula; toda vida animal depende de células consumindo oxigênio adequadamente.
Scanners MRI veem dentro do corpo; médicos checam tumores, coágulos, calcificação arterial. MRI frequentemente usa prótons para criar campo magnético necessário. Quando expostos a corrente elétrica, prótons emitem campo magnético fraco. Rotação criada produz brilho que permite visualização da imagem interna.