Pessoas que fazem irrigação de cólon podem ser propensas a infecções. Se o equipamento não for devidamente esterilizado, doenças podem ser transmitidas pelo tubo e alças. Às vezes, o tubo é expelido do reto durante o tratamento, entrando em contato com a bacia, que pode não estar esterilizada, causando infecções bacterianas ou virais. Além disso, os pacientes tocam os controles de água após lubrificar e inserir o tubo, tornando as alças condutoras de doenças.
Em casos raros, ocorrem reações ao látex do espéculo (ponta do tubo inserida no reto), podendo causar choque anafilático em pessoas com alergia severa ao látex.
Alguns hidroterapeutas usam apenas tubos sem espéculo, geralmente por economia, pois são descartáveis. Os tubos podem machucar na inserção e causar hemorroidas, mesmo com lubrificação adequada. São inseridos pelo menos 10 cm no reto e cólon descendente, muitas vezes curvados pelo ângulo da mangueira. Há risco de perfurar a parede do cólon se não houver cuidado, deixando o corpo propenso a infecção e toxemia (toxinas no sangue).
Eletrolitos são minerais como potássio e sódio, usados pelos nervos e órgãos vitais (coração) para transmitir impulsos elétricos. A irrigação elimina quantidade considerável desses eletrolitos, causando desidratação. Embora a maioria dos terapeutas forneça bebida eletrolítica após o tratamento, problemas podem ocorrer durante a sessão. Em casos raros, pode desenvolver edema pulmonar ou insuficiência cardíaca fatal.
Cerca de 95 a 113 litros de água são usados em uma sessão típica. Essa quantidade pode causar erosão da flora bacteriana natural. Suplementos estão disponíveis para repor bactérias, mas os microrganismos devem sobreviver ao ácido estomacal para chegar ao intestino grosso. Se não, a pessoa fica temporariamente propensa a infecções ou invasões parasitárias.
É extremamente importante que pessoas com certas condições NÃO façam irrigação de cólon: cirrose hepática, carcinoma de cólon, hipertensão, problemas cardíacos, colite ulcerativa, doença de Crohn, hemorroidas e tumores retais. Também nunca faça colônicas logo após cirurgia retal.