Potencial moderado a alto de adquirir infecção como amebíase se esterilização não for adequada. Perfuração intestinal é rara, mas ocorreu e pode levar à morte.
Muitos acreditam que quem administra a colônica é profissional médico treinado, mas nem sempre. Nenhum estado regula ou licencia procedimentos colônicos ou quem os realiza.
Hidroterapia de cólon pode induzir desidratação levando a desequilíbrio eletrolítico. Eletrólitos incluem potássio e sódio, que precisam estar equilibrados para evitar falência renal e/ou parada cardíaca.
Irrigação colônica existe há milhares de anos, começando com médicos no Egito antigo, que acreditavam que toda doença começava no ânus.
Gastroenterologista da Mayo Clinic, Dr. Michael Picco, aconselha contra colônicas, mas sugere medidas de segurança se fizer: verifique se quem faz tem treinamento médico e usa equipamento descartável. Mantenha-se hidratado antes e depois para evitar desequilíbrio eletrolítico.