Escherichia coli (E. coli) vive nos intestinos de animais (principalmente gado) e pessoas. A maioria das cepas é inofensiva e ajuda na digestão. Dependemos da E. coli para vitamina K e algumas vitaminas do complexo B; no entanto, a maioria associa E. coli à cepa O157:H7, que causa doença. A maioria das contaminações vem de carne mal cozida ou leite cru (não pasteurizado). A infecção também pode se espalhar quando alimentos são contaminados com bactérias fecais. Sintomas aparecem 1 a 8 dias após contaminação: náuseas, vômitos e diarreia.
Bacteroides residem no cólon e são a flora normal mais numerosa nessa parte do trato digestivo. Envolvem-se na utilização de substâncias nitrogenadas, fermentação de carboidratos e biotransformação de ácidos biliares e esteróides. Adaptados a crescer sem oxigênio, não representam ameaça a menos que saiam do cólon para o resto do corpo. Isso pode acontecer com abscesso, ocorrência rara mas perigosa, pois a maioria é resistente a muitos antibióticos.
Lactobacillus acidophilus vive normalmente no trato digestivo e está presente em alimentos como iogurte e suplementos. É benéfico por produzir lactase, vitamina K e substâncias antimicrobianas (acidophilina, acidolina, bacteriocina, lactocidina). Usado para tratar e prevenir diarreia, especialmente eficaz em crianças por rotavírus. Também considerado possivelmente eficaz para síndrome do intestino irritável, diarreia em adultos hospitalizados e diarreia de viajante.