Existem alguns perigos associados ao armazenamento inadequado de grãos de cacau cru. Segundo o Serviço de Informação de Transporte da Alemanha, grãos de cacau devem ser armazenados em certas condições de ventilação, temperatura e umidade. Armazenar o grão cru em condições erradas pode levar a mofo, superfermentação ou até auto-combustão em calor extremo.
O TIS alerta transportadores e consumidores sobre possíveis problemas de contaminação associados a grãos de cacau cru. O TIS afirma que grãos de cacau cru são conhecidos por absorver odores e outras partículas transportadas pelo ar que entram em contato com o grão. Um relatório conduzido pela FDA dos EUA também encontrou contaminação de grãos de cacau na forma de mofo. Indivíduos com alergia a mofo, ou alergia a partículas como poeira, podem reagir ao grão.
Grãos de cacau cru são suscetíveis a infestação por insetos. Segundo a FDA dos EUA, árvores de cacau geralmente são tratadas com fertilizantes para impedir insetos de chegar ao interior dos grãos. No entanto, um relatório da FDA indica que 4% dos grãos de cacau têm infestação por insetos; eles se referem a insetos como uma "substância imunda".
Embora reações alérgicas a grãos de cacau cru sejam raras, suas semelhanças com frutas podem ser motivo de preocupação. O Centro Médico da Universidade de Maryland afirma que reações alérgicas a produtos alimentícios são a forma do corpo se defender contra uma substância indesejada. Alergias ao cacau podem criar dor de cabeça, azia e irritações na pele. Em casos extremos, problemas respiratórios podem ocorrer. Se uma pessoa tem histórico de alergias, um médico deve ser consultado antes de consumir grãos de cacau cru.