As flores, brotos e folhas da planta trevo vermelho são geralmente consideradas seguras para ingestão humana. O National Center for Complementary and Alternative Medicine (NCCAM) nota que suplementos de trevo vermelho são geralmente seguros e bem tolerados. No entanto, alguns especialistas expressaram preocupação sobre os compostos semelhantes a estrogênio encontrados nas flores de trevo vermelho; os brotos da planta também contêm uma toxina fraca.
Como muitas outras ervas medicinais, o trevo vermelho contém fitoestrógenos — compostos vegetais quimicamente semelhantes ao hormônio animal estrogênio. O NCCAM nota que, em teoria, uso a longo prazo de suplementos de trevo vermelho poderia aumentar o risco de câncer endometrial.
Em janeiro de 2004, o "Journal of Food Protection" publicou uma revisão afirmando que as sementes e brotos da planta trevo vermelho contêm quantidades detectáveis do aminoácido canavanina. Este composto também é encontrado em brotos de alfafa.
A edição de outubro de 2007 de "Methods in Molecular Biology" relatou que a canavanina pode causar respostas autoimunes anormais. As anomalias causadas por altas doses de canavanina são semelhantes às vistas em pessoas sofrendo de lúpus.
Preocupações relacionadas a fitoestrógenos baseados em trevo e canavanina são teóricas. De acordo com NCCAM, não há relatos de efeitos colaterais sérios de trevo vermelho. Como o trevo vermelho foi historicamente usado como fonte primária de alimento sem relatos de toxicidade, uma overdose de trevo vermelho é improvável.
Como o trevo vermelho pode exercer um efeito fraco no sistema endócrino feminino, especialistas alertam contra o uso de altas doses durante gravidez e lactação. Em teoria, também pode contribuir para o crescimento de cânceres sensíveis a hormônios, incluindo câncer de mama e ovariano.