Cicatriz deixada por circuncisão pode ser incômodo visual, causa de irritação durante relação e às vezes local de câncer peniano. Associação Médica Americana considera circuncisão não terapêutica, e Academia Americana de Pediatria sustenta que dados científicos existentes são insuficientes para recomendar circuncisão neonatal rotineira. Sociedade Médica Britânica condena prática e defende que nenhuma criança deve ser submetida a cirurgia genital para remover prepúcio até atingir idade de consentimento.
Reconstrução cirúrgica do prepúcio em homens circuncidados tornou-se procedimento médico aceito, tanto para remover cicatriz de circuncisão quanto para aumentar sensação sexual. Em artigo no Journal of Sex Research (Greer M, Mohl P, Sheley K, Vol. 18, No. 4, 324-330, 1982), equipe de cirurgiões fez extensivos testes psicológicos em 11 pacientes antes e depois da cirurgia e todos acharam resultados "agradáveis e gratificantes. A maioria relatou aumento de sensibilidade glandular."
Alguma cicatrização ao redor do pênis logo abaixo da glande é normal após circuncisão. Tipo de cicatriz resulta do método usado. Às vezes cicatriz pode ser mais escura que pele circundante. Circuncisão mal feita pode levar a cicatrização excessiva e deformidades do pênis. Em alguns casos, relação pode irritar cicatriz.
Homens também usaram vários cremes e adesivos de silicone para fazer cicatrizes desaparecerem.
Cicatriz de circuncisão pode envolver mais que estética. Às vezes câncer peniano desenvolve na ou ao redor da cicatriz. Dois patologistas que estudaram complicações relataram que análise tecidual da cicatriz revelou "neuromas de amputação", tumor ou massa crescendo nas extremidades de fibras nervosas amputadas que podem causar dor, bem como "coleção bulbosa de neuritos de tamanhos variáveis" (terminações nervosas).
Devido a evidências crescentes que circuncisão não só reduz sensação sexual, mas também pode causar danos sexuais e emocionais ao longo da vida, Associação Médica Britânica determinou em 2006 que "este procedimento cirúrgico (circuncisão) tem riscos médicos e psicológicos."
Entre riscos: fascite necrotizante ("bactéria comedora de carne"), celulite, fimose (apertamento/constrição do orifício do prepúcio), fístulas urinárias (passagens anormais no trato urinário) e impotência.
Alguns argumentam que circuncisão predispõe cérebro do lactente masculino à violência e tem efeito negativo em vínculo materno e confiança. British Journal of Urology (Cold CJ, Taylor JR, The prepuce, Vol. 83, Suppl.1:34-44, Janeiro 1999) recomenda evitar circuncisão e que "remoção de anatomia genital normal em crianças e lactentes deve ser adiada até que indivíduo possa tomar decisão informada."
No mesmo artigo, Cold e Taylor desafiam crença médica prevalente nos EUA que circuncisão ajuda prevenir propagação de doenças como AIDS por não fornecer dobra de pele onde bactérias acumulam. Chamando esta crença "falha", autores notam que "campanha agressiva de circuncisão nos EUA não preveniu infecções sexualmente transmissíveis, incluindo HIV." Portanto acúmulo de flora no prepúcio "deve ser entendido como células imunes mucosas normais, não entidade patológica requerendo excisão."