Fungos causam várias doenças em animais e seres humanos. Algumas doenças humanas graves — por exemplo, doenças de pele, ouvido, garganta e nariz, bem como distúrbios bronquiais e intestinais — são causadas por vários grupos de fungos.
Algumas espécies de Aspergillus como A. fumigatus, A. flavus e A. niger são patógenos humanos. Essas espécies de mofo fúngico causam infecções coletivamente conhecidas como "aspergilose", como aspergilose pulmonar e do canal auditivo.
Muitos parasitas como Fungos imperfeitos vivem em membranas mucosas da garganta, brônquios e pulmões, causando infecções de boca e pulmões.
Alguns fungos causam descoloração da pele. Doenças comuns conhecidas como "hadra" e "coceira de barbeiro" também são doenças fúngicas.
Fungos Trichophyton causam a infecção conhecida como pé de atleta.
Monilia, membro da classe Fungos imperfeitos, causa doença de garganta ou boca conhecida como sapinho.