O hidrogénio queima facilmente no ar numa ampla gama de concentrações (de 4 por cento a 75 por cento por volume). Este processo, chamado combustão, envolve a reação do hidrogénio com oxigénio, produzindo água e uma grande quantidade de calor. Se permitido expandir rapidamente de um cilindro de alta pressão, o hidrogénio pode inflamar-se espontaneamente no ar.
O hidrogénio forma uma mistura explosiva com oxigénio. Uma chama pura de hidrogénio-oxigénio é quase invisível e pode ser muito perigosa.
O hidrogénio também reage violentamente com cloro e flúor, que são oxidantes fortes.
Quando presente em altas concentrações no ar, o hidrogénio pode atuar como asfixiante.
Gasolina e hidrogénio são altamente inflamáveis. Mas a gasolina pode derramar sobre materiais que podem então inflamar. Por outro lado, se o hidrogénio vazar de um tanque, dispersa-se rapidamente e sobe pelo ar, minimizando as hipóteses de incêndio.
O hidrogénio pode ser armazenado e transportado com segurança em cilindros ou tanques pressurizados especialmente desenhados.