Os campos magnéticos e ondas de rádio do MRI podem afetar qualquer metal magneticamente suscetível (ex: ferro). Implantes como clipes de aneurisma podem se mover durante um MRI, enquanto marcapassos cardíacos ou bombas de insulina podem funcionar mal. Corpos estranhos, como fragmentos de metal no olho, podem se deslocar e causar danos.
Por essas razões, técnicos de MRI devem realizar uma avaliação cuidadosa de cada paciente, e podem precisar alterar a força do campo para garantir a segurança do exame.
Agentes de contraste aumentam a visibilidade de diferentes tipos de tecido durante um MRI, tornando-os mais claros ou mais escuros. A injeção de agentes de contraste normalmente ocorre durante o MRI.
Alguns pacientes têm reações alérgicas a agentes de contraste; em casos raros, essas reações podem ser fatais. Embora seja possível realizar um exame de MRI sem agentes de contraste, fazer isso pode reduzir a eficácia do exame.
Máquinas de MRI fechadas podem causar ataques de pânico em indivíduos claustrofóbicos, tornando impossível para eles completar o exame. Os ruídos altos produzidos por MRIs abertos e fechados também podem causar pânico em indivíduos autistas. Sedação pode relaxar esses pacientes e permitir que prossigam com o exame.
Um MRI fechado pode ser muito estreito para caber pacientes com obesidade mórbida. Em tais casos, os médicos devem escolher um procedimento alternativo.
MRI nem sempre é a ferramenta diagnóstica de escolha para imaginar tecidos particulares. Por exemplo, ultrassom Doppler é igual ou superior a um MRI para lesões ou doenças dos tendões. Ultrassons também são preferíveis para a imagem de fetos durante a gravidez.