Minnesota é um estado geológica e biologicamente diverso, mas muitas de suas pressões ecossistêmicas são compartilhadas quase universalmente: instabilidade climática, micro-toxificação do ambiente geral, fragmentação de biomas, práticas humanas insustentáveis e poluição de fonte difusa de solo, água e ar.
Minnesota faz parte da região dos Grandes Lagos. Os Grandes Lagos são o maior reservatório único de água doce superficial do mundo e desempenham papel determinante forte nos padrões climáticos regionais. Pressão de desenvolvimento humano já desestabilizou ecossistemas, mas cientistas acreditam que mudanças abruptas nos padrões climáticos, especialmente elevações de temperatura, desestabilizarão todos os sistemas naturais em algum grau.
As águas de Minnesota são mais que termostatos. Contêm biomas muito diversos e frequentemente frágeis. Espécies aquáticas invasoras são prioridade alta para Minnesota, pois o estado tem — além de sua frente nos Grandes Lagos — 11.842 lagos com superfícies de pelo menos 10 acres além de milhares de cursos d'água. Minnesota identificou 13 espécies invasoras problemáticas de animais aquáticos e 6 plantas invasoras problemáticas.
O Projeto de Recuperação de Ecossistemas de Minnesota propôs sistema estadual de reabilitação ecológica que começa com reservas centrais, sobre as quais constrói "zonas de amortecimento" e "corredores". Esta proposta é parte de esforço de recuperação de habitat em Minnesota.