Porto Rico tem sido posse dos Estados Unidos por muitos anos, mas os avanços da medicina moderna nem sempre foram tão disponíveis. Ainda no século XX, doenças tropicais e parasitas contribuíram para altas taxas de mortalidade e baixa expectativa de vida. Embora progresso médico tenha sido implementado desde então, muitas questões de saúde continuam a existir.
Porto Rico tem alto número de cidadãos diagnosticados com AIDS ou vírus HIV. Estava entre os 10 estados e possessões americanas com maior número de diagnósticos cumulativos de AIDS até 2008, segundo os Centros de Controle e Prevenção de Doenças (CDC). Mais de 32.000 adultos e 400 crianças foram diagnosticados com a condição ameaçadora à vida. Porto Rico foi a única área dependente listada nas áreas mais afetadas por AIDS.
Até meados do século XX, muitos dos problemas de saúde de Porto Rico decorriam das condições de saúde precárias proeminentes em países subdesenvolvidos. Muitas destas doenças foram erradicadas; no entanto, Porto Rico continua a ver condições de saúde ruins devido à desnutrição. Segundo o CDC, Porto Rico está em último lugar no país no consumo de frutas e vegetais saudáveis por seus cidadãos.
Muitos residentes de Porto Rico vivem com diabetes ou mostraram sinais de desenvolver a condição. Aproximadamente 27% de seus cidadãos têm pressão alta. Quase 13% dos porto-riquenhos vivem com diabetes, segundo a Associação Americana de Diabetes. Em 2005, mais de 178.000 pessoas nos EUA e Porto Rico viviam com doença renal em estágio terminal causada por diabetes. Estas pessoas viviam em diálise crônica ou tiveram que fazer transplante de rim por complicações de saúde.
Discussões sobre organizar e unificar um sistema universal de saúde nos EUA pouco mencionaram como Porto Rico seria afetado pelo novo sistema. Presidente Barack Obama defendeu a causa durante sua campanha presidencial de 2008, prometendo assistência de saúde igual para os 4 milhões de pessoas que vivem em Porto Rico. Mas no início do debate, Porto Rico e outros territórios foram deixados de fora. Porto Rico foi incluído nas versões da Câmara e Senado que passaram pelo Congresso em 2010. Segundo Puerto Rico Daily Sun, Porto Rico tem entre 350.000 e 500.000 pessoas sem seguro saúde. Embora a lei tente tornar seguro saúde mais acessível, também requer que americanos comprem uma forma de seguro saúde e aqueles que não cumprirem podem estar sujeitos a penalidades.