Microscópios são usados por diversas ocupações nas áreas científica e médica para variados propósitos. No entanto, podem ser usados por qualquer pessoa que queira aprender mais sobre biologia.
Podem usar microscópios para examinar amostras e ajudar no tratamento de doentes. Exemplo: amostra de urina examinada para presença de sangue.
Estudam estrutura de células e tecidos cortando e corando amostras para examinar ao microscópio.
Usam microscópios para auxiliar no estudo da estrutura de um organismo ou determinar diversidade numa área. Exemplo: registar número de espécies diferentes em amostras de água de lago recolhidas ao longo do tempo.
Usam muitos tipos de microscópios para diversos estudos. Um biólogo celular pode usar marcação fluorescente para examinar a localização de uma proteína numa célula.
Também usam microscópios para examinar amostras de doentes ou experiências.