Na década de 1890, Horatio S. Greenough estabeleceu o design que levou ao desenvolvimento dos microscópios estereoscópicos modernos. Hoje, são comumente usados em laboratórios médicos e de investigação.
Um microscópio estereoscópico é usado para estudar espécimes ou objetos grandes sob baixa ampliação, sendo frequentemente utilizado em dissecções.
Para usar um microscópio estereoscópico eficazmente, utiliza-se um iluminador para direcionar luz sobre o objeto ou espécime observado.
Um microscópio de dissecação permite o estudo de espécimes demasiado grandes para um microscópio composto.
Um microscópio estereoscópico também permite a observação de organismos vivos, como insetos ou pequenos vermes.
Um microscópio estereoscópico também é conhecido como microscópio de dissecação e pode ser referido como microscópio de comparação.