Tipos AutoDock Atom

AutoDock é uma plataforma educacional que utiliza átomos conhecidos e uma interface de rede em combinação com aplicações de colagem para prever a taxa de ligação da maioria das moléculas pequenas . Isso permite que os alunos a estudar praticamente molécula de ligação sem a necessidade de tempo de laboratório caros e treinamento. Elementos

AutoDock suporta os elementos básicos : H , C , N, O , F , Mg , P , S , Cl , Ca , Mn , Fe , Zn , Br e I. Estes foram parametrizada dentro do programa para que ele reconheça suas características físicas , atributos e reações a outros elementos. Estes elementos de base podem ser utilizados para formar uma molécula e testada com uma aplicação ou solvente de ligação . Por exemplo, um aluno poderia indicar duas moléculas de hidrogênio para uma molécula de oxigênio , H2O e seria capaz de testar essa molécula de água contra a sua taxa de ligação .
Encadernação

AutoDock suporta uma variedade de produtos químicos e elementos de ligação ou de encaixe, o nome e ou o rótulo do elemento de ancoragem devem ser digitados na interface do usuário para localizar e selecionar o elemento adequado. AutoDock fornece um sistema de ferramentas projetadas para ajudar a entender, monitorar e agilizar o processo de colagem. Estes incluem cristalografia de raios- X ; desenho de drogas baseado em estrutura , otimização de chumbo, Virtual ( HTS ) , projeto de biblioteca combinatória, acoplamento proteína-proteína e estudos mecanismo químico . Isso permite que um aluno para trabalhar com os elementos e para unir -los sob uma variedade de condições para que os melhores e mais precisos os resultados dos testes podem ser alcançados.
Grade Mapa

grade de AutoDock ou Grade Mapa é utilizado para emparelhar e elementos jogo com ligantes , para fazê-lo , o estudante deve digitar o nome químico do elemento em formato de carta simples para localizá-lo na grade. Elementos da grelha já foram estudadas e testadas e dos seus perímetros já foram definidos . Isso permite que um aluno simplesmente selecionar um átomo e pasta sem ter de introduzir mais informações. Por isso, o AutoDock Grelha Map permite ao aluno aprender sobre as propriedades e perímetros do átomo ao testar a sua taxa de ligação .
Adicionando elementos

Se um estudante tem um elemento que ainda não tenha sido introduzido no sistema do AutoDock , eles podem inseri-lo usando o arquivo de perímetro pré- existente da AutoDock com a informação exata detalhadas sobre o átomo em questão. Este deverá ser enviado para AutoDock e calibrado , re- calibrados para a exatidão antes de ser testado . No entanto, deve notar-se que a adição de um elemento requer um conhecimento profundo de como o elemento vai agir e reagir durante o processo de colagem , bem como com outros átomos.