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Tipos de Átomos no AutoDock

AutoDock é plataforma educacional que usa átomos conhecidos e interface de grade em combinação com aplicações de ligação para prever taxa de ligação da maioria das moléculas pequenas. Isso permite estudantes estudarem virtualmente ligação molecular sem requerer tempo e treinamento laboratorial caro.

Elementos

AutoDock suporta elementos básicos: H, C, N, O, F, Mg, P, S, Cl, Ca, Mn, Fe, Zn, Br e I. Estes foram parametrizados no programa para que reconheça suas características físicas, atributos e reações a outros elementos. Estes elementos básicos podem ser usados para formar molécula e testados com aplicação de ligação ou solvente. Por exemplo, estudante indicaria duas moléculas de hidrogênio para uma de oxigênio, H2O, e seria capaz de testar esta molécula de água contra sua taxa de ligação.

Ligação

AutoDock suporta variedade de químicos e elementos de ligação ou encaixe (docking), o nome ou rótulo do elemento de encaixe deve ser digitado na interface do usuário para localizar e selecionar elemento adequado. AutoDock fornece sistema de ferramentas projetadas para ajudar visualizar, monitorar e agilizar processo de ligação. Incluem cristalografia de raios-X; design de fármacos baseado em estrutura, otimização de líderes, triagem virtual (HTS), design de biblioteca combinatória, encaixe proteína-proteína e estudos de mecanismo químico. Isso permite aluno trabalhar com elementos e ligá-los sob variedade de condições para que melhores e mais precisos resultados de teste sejam alcançados.

Mapa de Grade

Grade ou Mapa de Grade do AutoDock é usado para parear e combinar elementos com ligantes; para isso, aluno deve inserir nome químico do elemento em formato de letra única para localizá-lo na grade. Elementos na grade já foram estudados e testados e seus perímetros já foram definidos. Isso permite aluno simplesmente selecionar átomo e ligante sem ter que inserir detalhes. Mapa de Grade do AutoDock portanto permite aluno aprender sobre propriedades e perímetros do átomo enquanto testa sua taxa de ligação.

Adicionando Elementos

Caso aluno tenha elemento que ainda não foi inserido no sistema do AutoDock, pode inseri-lo usando arquivo de perímetro pré-existente do AutoDock com informação detalhada exata sobre átomo em questão. Isso deve então ser carregado no AutoDock e calibrado, recalibrado para precisão antes de ser testado. No entanto, deve-se notar que adicionar elemento requer conhecimento aprofundado de como elemento agirá e reagirá durante processo de ligação bem como com outros átomos.