A poluição da água é uma questão que envolve todo ser vivo, pois todos dependemos de água para sobreviver. A poluição pode ter os efeitos mais fortes na vida vegetal, no entanto, e esses efeitos são frequentemente o sinal mais precoce de contaminação.
Uma das formas mais comuns de poluição da água é a introdução de toxinas, como pesticidas, no meio ambiente. Estas podem matar a vida vegetal diretamente, bem como lixiviar na tabela de água.
Escoamento de esgoto e outra matéria orgânica podem alterar os níveis de nutrientes em um corpo d'água, causando bactérias ou algas a se multiplicarem. Isso pode alterar o teor de oxigênio da água e matar não apenas plantas, mas animais também.
Escoamento de operações de mineração pode encher cursos d'água com sedimento, cortando água e secando pântanos.
A poluição também pode alterar o pH da água, tornando-a mais ácida ou mais alcalina. Muitas espécies de plantas prosperam apenas em certas condições, e uma grande mudança no pH pode matá-las ou retardar seu crescimento.
Em alguns casos, fontes sutis de poluição podem não matar grandes plantas, mas podem afetar micro-organismos e desequilibrar o equilíbrio natural ao longo do tempo.