Qualquer forma de energia alternativa — assumindo que seja mais limpa que os combustíveis fósseis atuais — está na mesa para a solução de amanhã para nossos problemas energéticos. Mais limpos que combustíveis fósseis, biocombustíveis têm a vantagem adicional de ser uma fonte renovável de energia. Mudar para biocombustíveis como foco central da infraestrutura energética atual, no entanto, pode não ser a solução perfeita para acabar com a dependência de combustíveis fósseis. Carros e máquinas podem facilmente rodar com biocombustíveis, mas recursos para produção representam um problema mais complexo.
Combustíveis fósseis liberam quantidades massivas de dióxido de carbono e outros gases poluentes que envenenam a atmosfera e causam depleção da camada de ozônio. Biocombustíveis — uma fonte neutra em carbono — emitem quantidades mínimas de CO₂, facilmente absorvidas por plantas. Usar resíduos orgânicos, agrícolas e outros como biomassa para processar biocombustível reduz poluição.
Biocombustíveis emitem quantidades potencialmente significativas de óxido de nitrogênio, contribuindo para smog e formação de formaldeído no ar — potencialmente afetando aqueles com doenças respiratórias ou sistemas imunológicos comprometidos.
Transporte e impostos de importação aumentam o custo dos combustíveis fósseis. Como com outros bens importados, países devem competir e negociar pelo recurso. Biocombustível pode ser produzido localmente — eliminando aborrecimentos de importação, eliminando custos de transporte ou dutos de entrega comuns na indústria petrolífera.
Atualmente, coletar, transportar e processar biomassa para biocombustível é mais caro que extrair combustíveis fósseis. Biomassa — quando queimada diretamente como combustível — também libera CO₂ e outros gases de efeito estufa. Converter biomassa em álcool ou metano, para minimizar emissões de CO₂, adiciona custo à produção de biocombustível.
Produzidos a partir de culturas que podem ser colhidas, replantadas e colhidas novamente, a biomassa — da qual o biocombustível é processado — serve como recurso renovável. O lado negativo é que usar biomassa vegetal para combustível pode ter sérias implicações no suprimento de alimentos de um país. Substituir pequenas porcentagens do consumo de diesel e gasolina por biocombustível requer desviar porcentagens desproporcionalmente grandes da produção de culturas. Aumentar a produção agrícola para acomodar processamento de biocombustível não apenas exigirá mais terra, mas também mais recursos hídricos.