De modo geral, ecossistemas são descritos por duas categorias principais de variáveis: fatores abióticos e bióticos. Fatores bióticos descrevem as condições e a natureza dos organismos vivos no ecossistema, enquanto fatores abióticos incluem as características não vivas do local, incluindo temperatura, condições físicas e químicas. No caso de um ecossistema de lago, como qualquer ecossistema de água parada, fatores abióticos são particularmente decisivos na formação das condições locais para a vida no ecossistema.
Como em qualquer ecossistema, a temperatura é um fator abiótico crítico em um ambiente de lago. A natureza de um ecossistema de água parada, contendo grandes quantidades de água parada que tende a reter temperaturas ambientais e pode até congelar em baixas extremas, torna a temperatura ainda mais significativa no contexto de um lago. Simplificando, um ecossistema abrigará apenas aquelas formas de vida que podem completar seus processos de ciclo de vida dentro das condições de temperatura locais. No caso de variação sazonal pronunciada, muitas espécies se adaptaram mudando seu comportamento nos períodos mais quentes ou mais frios e desenvolvendo comportamentos compensatórios, como armazenar alimentos em estações amenas. Qualquer espécie que não consiga se adaptar às condições locais de temperatura não conseguirá se estabelecer e reproduzir na área, tornando a temperatura um fator abiótico decisivo no ecossistema.
Embora, na superfície, um lago possa parecer um ecossistema estagnado, a maioria dos corpos d'água está conectada a um ciclo complexo da água que envolve fluxos de evaporação e precipitação, além de conexões com outros corpos d'água superficiais e subterrâneos. O vento agindo na superfície do lago também pode determinar correntes internas e a distribuição de nutrientes e detritos no lago. Como resultado, a situação física criada por condições de turbulência e fluxo é outra consideração abiótica importante ao estudar organismos e processos de vida no ecossistema. Certos organismos, por exemplo, não conseguirão se reproduzir em lagos extremamente turbulentos, enquanto fluxos para dentro do lago podem criar campos de detritos que servem de abrigo para outros organismos.
Além das forças físicas agindo em um lago, a forma física do próprio lago é um fator abiótico importante. Dimensões de profundidade e diâmetro determinam o volume de água presente no sistema e a quantidade de habitat aquático disponível, assim como o tamanho ou forma do habitat também pode favorecer certos tamanhos de organismos sobre outros. No entanto, o acesso à luz é talvez o fator abiótico mais importante relacionado às condições físicas. A luz é uma fonte crítica de energia para a vida vegetal e animal, e os ecossistemas às vezes são até divididos em camadas de profundidade dependendo dos níveis de penetração de luz. Claro, a disponibilidade de luz também pode variar em relação a outros fatores abióticos como altitude, clima local e turbidez.
Todo organismo na Terra depende de uma série de interações químicas — da alimentação à respiração ou fotossíntese — para se manter vivo. Como resultado, o contexto químico de um ecossistema determina quais organismos podem habitá-lo como função dos processos químicos que podem ser completados na área. No caso de um ecossistema de lago, fatores abióticos químicos críticos incluem pH, a natureza e a quantidade de nutrientes dissolvidos na água e sedimentos do fundo, e a quantidade de oxigênio dissolvido encontrado na água. Bactérias anaeróbias, por exemplo, só podem prosperar em ambientes de baixo oxigênio, enquanto peixes grandes requerem ambientes ricos em oxigênio e condições relativamente neutras.