Poluição é definida como a introdução de substâncias nocivas no meio ambiente. Poluição do solo tem muitas fontes incluindo poluição da água, chuva ácida e poluição de fonte não pontual. NSP entra em um ecossistema através de escoamento. A fonte dos poluentes pode estar longe de seu ponto de impacto. O resultado é uma perturbação da química do solo. Plantas incapazes de tolerar estes desequilíbrios logo perecem, resultando em menos espécies de plantas e uma diminuição na biodiversidade vegetal.
Acidificação do solo cria zonas mortas ecológicas, deixando áreas inadequadas para vida vegetal e os animais que dependem delas.
Espécies de plantas sensíveis são especialmente vulneráveis a mudanças na química do solo, causando mortandade de plantas e menor biodiversidade.
Chuva ácida causa reações químicas que liberam metais tóxicos que são normalmente insolúveis, danificando sistemas radiculares e impedindo plantas de absorver umidade adequada.
Escoamento agrícola introduz altos níveis de nitrogênio, fosfato e fósforo em cursos d'água, que por sua vez lavam sobre solos e perturbam o equilíbrio químico do solo.
Uma forma menos óbvia de poluição é a introdução de plantas não nativas ou invasoras, que podem superar espécies nativas e reduzir habitats a monoculturas.