Tendência de atividades humanas afetarem ambientes aquáticos decorre do fato que seres humanos não podem viver sem água. Além de impacto na existência humana, água é essencial para uso em muitos projetos de desenvolvimento e transporte. Mesmo algumas atividades em terra podem afetar ambiente aquático através de efeitos colaterais como chuva ácida.
Embarcações podem espalhar espécies invasoras ao navegar de um porto a outro em diferentes partes do mundo, segundo EPA. Espécies invasoras são organismos estranhos a um ambiente. Representam sérias ameaças ambientais e econômicas em ecossistemas aquáticos mudando dinâmicas. Segundo EPA, espécies invasoras são causa principal de extinção de espécies e quedas drásticas em biodiversidade em ecossistemas aquáticos mundialmente. Algumas multiplicam-se rapidamente em novo ecossistema, sobrepujando população nativa e levando a declínio. Espécies invasoras podem ser espalhadas por incrustação de casco, escapes de aquicultura e outros tipos de descargas acidentais.
Número crescente de embarcações em corpos d'água é fonte de preocupação, devido à poluição que emitem. EPA relata mais de 230 navios de cruzeiro mundialmente, que podem comportar até 3.000 tripulantes e passageiros. Resíduos destes navios incluem esgoto, água de lavanderia, chuveiros e louças, lixo sólido, e água oleosa ou de porão do casco. Resíduos afetam negativamente organismos aquáticos; por exemplo, descarga oleosa pode causar deterioração em várias espécies marinhas e de água doce altamente suscetíveis a óleos e petroquímicos.
Efeitos da chuva ácida podem ser observados no ambiente aquático. Chuva ácida pode cair diretamente em biomas aquáticos e fluir para ambientes como lagos, riachos e pântanos após cair em ambientes terrestres. Chuva ácida aumenta nível de pH da água, tornando-a tóxica e intolerável a muitas espécies de criaturas aquáticas, o que pode levar a redução de populações como peixes e dizimar espécies inteiras.
Urbanização afeta ambientes aquáticos causando mudança em formas de terra que podem constituir obstruções no ecossistema aquático. Por exemplo, construção de barragem pode alterar curso do fluxo natural de água e levar a mudança no padrão de migração de peixes.