A combustão, ou incineração, destrói componentes orgânicos perigosos e reduz o volume de resíduos. Segundo a EPA, mais de 3,1 milhões de toneladas de resíduos perigosos foram eliminados através de combustão em 2005. A combustão pode ser usada para eliminar resíduos tóxicos sólidos e líquidos. Incineradores queimam resíduos tóxicos e são usados para destruição de resíduos. Metais não combustão, tornando a incineração ineficaz para resíduos tóxicos com metais. Caldeiras e fornos industriais são usados para recuperar energia na forma de vapor, fluido aquecido ou gás aquecido. Métodos de combustão são regulados sob o Clean Air Act, que protege o ambiente e a saúde humana da poluição do ar, definindo limites para emissões de poluentes atmosféricos.
Instalações de eliminação para resíduos tóxicos são projetadas para conter os resíduos permanentemente, impedindo a libertação de poluentes no ambiente. Métodos de eliminação em aterro incluem uso de aterros sanitários, lagoas de superfície, pilhas de resíduos e unidades de tratamento de terras. A EPA mantém o programa Land Disposal Restrictions, que garante que resíduos tóxicos são devidamente tratados antes de serem eliminados em terra. Estes limites minimizam os efeitos perigosos de resíduos tóxicos no ambiente e na saúde humana.
Resíduos tóxicos líquidos são comumente eliminados através de poços de injeção subterrâneos. Devido ao potencial impacto na água potável, poços de injeção são cuidadosamente regulados pelo programa Underground Injection Control sob o Safe Drinking Water Act. O UIC regula todos os aspetos dos poços de injeção, incluindo localização, construção, operação, licenciamento e fecho, para prevenir contaminantes tóxicos de entrarem em fontes de água. O UIC também mantém reguladores estaduais e proprietários e operadores de poços de injeção informados sobre operação segura, prevenindo contaminação de recursos de água potável subterrâneos.