Ética envolve padrões aceitos pela sociedade de certo e errado. Na prática de cirurgia de redesignação de gênero, médicos devem fazer escolhas éticas sobre qual gênero atribuir a bebês com genitais ambíguos ou deformados. Determinar práticas éticas nesta área evoluiu desde a primeira cirurgia de redesignação sexual realizada em 1922. Ainda não há consenso entre médicos sobre o que torna uma pessoa homem ou mulher.
Médicos devem decidir se acreditam que gênero é determinado principalmente pelos cromossomos ou pela forma como a criança é criada. Se acreditam que bebês são psicossexualmente neutros ao nascer, tornam o bebê menino se for possível fazer um pênis totalmente funcional. Caso contrário, o bebê é menina por padrão, pois fazer genitais femininos é procedimento cirúrgico menos complicado. Se médicos acreditam que composição cromossômica dita gênero, atribuem bebê como menino apenas se sua composição cromossômica for XY.
Segundo urologistas pediátricos Baskin e Duckett, até 1950 médicos sentiam que bebês eram psicossexualmente neutros ao nascer. O caso divisor de águas de David Reimer em 1950 levou médicos a questionar esta crença. Reimer nasceu menino mas foi redesignado cirurgicamente como menina quando seu pênis foi severamente deformado em acidente aos sete meses. Foi criado como menina mas resistiu à indução psicológica e hormônios. Como adulto, Reimer assumiu identidade masculina e casou com mulher. Em entrevistas, afirmou que nunca se sentiu mulher.
Controvérsia surgiu novamente sobre a crença de que bebês são geneticamente neutros. Isso aconteceu quando psiquiatra infantil e adolescente William G. Reiner estudou 29 pessoas com composição cromossômica masculina, que foram redesignadas cirurgicamente e criadas como mulheres. Mais da metade se sentiam homens na adolescência apesar das operações cirúrgicas e indução social. O caso David Reimer e o estudo Reiner levaram alguns médicos a acreditar que bebês nascem com gênero específico que não pode ser alterado cirúrgica ou socialmente. Estes médicos defendem atribuir bebê como menino se têm composição cromossômica XY em todos os casos.
Segundo Drs. J. Polsdorfer e Rebecca Frey, alguns médicos sentem que é antiético realizar cirurgia de redesignação de gênero em adolescentes, pois não podem dar consentimento informado para o procedimento dada sua imaturidade emocional. "Qualquer indivíduo de 46 cromossomos, XY nascido com sistema nervoso normal, em conformidade com viés psicossexual assim pré-natalmente imposto, deve ser criado como menino," argumentaram Drs. Milton Diamond e H. Keith Sigmundson. No entanto, Polsdorfer e Frey citaram caso de 2006 que gerou controvérsia entre médicos na Austrália sobre adolescente que desejava passar por cirurgia de redesignação de gênero, sugerindo que nem todos cirurgiões concordam com teoria cromossômica de redesignação de gênero.