Para algumas mulheres, benefícios superam perigos dos anticoncepcionais orais, mas mulheres com certas condições médicas ou que experienciam efeitos colaterais adversos enquanto usam anticoncepcionais orais podem precisar escolher método contraceptivo alternativo. Provedores de saúde rastreiam contraindicações maiores, mas muitas mulheres não são informadas sobre perigos dos anticoncepcionais orais, como deficiência de vitaminas e amenorreia pós-pílula.
Existem dois tipos de anticoncepcionais orais - pílulas que contêm apenas progestin e pílulas que contêm tanto estrogênio quanto progestin. Anticoncepcionais orais de progestin são menos propensos a produzir efeitos colaterais sérios mas também são ligeiramente menos eficazes em prevenir gravidez. Outros contraceptivos hormonais, como adesivos e injeções anticoncepcionais, produzem efeitos colaterais e perigos similares aos anticoncepcionais orais.
Efeitos colaterais comuns dos anticoncepcionais orais incluem sangramento irregular ou spotting, náusea e vômito, sensibilidade nos seios, ganho de peso e mudanças de humor. Estes efeitos colaterais geralmente diminuem após três ciclos. Efeitos colaterais mais sérios podem incluir AVC, coágulo sanguíneo e icterícia. Risco de efeitos colaterais é aumentado em mulheres que fumam ou têm mais de 35 anos. Distúrbios médicos como distúrbios de coagulação sanguínea, obesidade, diabetes ou colesterol alto também aumentam risco de efeitos colaterais sérios dos anticoncepcionais orais. Algumas mulheres experienciam perda anormal de cabelo ou crescimento excessivo de pelos ao tomar anticoncepcionais orais.
Mulheres que têm histórico de coágulos sanguíneos, pressão alta, icterícia durante gravidez ou enxaquecas severas não devem tomar anticoncepcionais orais. Certas doenças cardíacas e hepatite também aumentam riscos associados com anticoncepcionais orais. Mulheres com histórico familiar de câncer de mama, cervical ou hepático devem discutir riscos com provedor de saúde conhecedor desde que anticoncepcionais orais têm sido ligados a aumento de incidência destes cânceres.
Aproximadamente 3% das mulheres que param de tomar anticoncepcionais orais experienciam amenorreia pós-pílula, ausência de menstruação por seis meses ou mais. Níveis altos de estrogênio e progestin em anticoncepcionais orais enviam feedback à glândula pituitária indicando níveis hormonais suficientes no corpo. Com uso prolongado, glândula pituitária para de produzir estrogênio e progesterona, mesmo após uso de anticoncepcional oral cessar, de modo que nem ovulação nem menstruação ocorre. Se menstruação não retornar espontaneamente, bloqueadores de estrogênio podem ser prescritos para estimular produção de estrogênio pela glândula pituitária.
Anticoncepcionais orais interferem com absorção do corpo de ácido fólico, vitamina B6, selênio e vitamina C. Ácido fólico previne anemia e mudanças celulares que podem levar a câncer. Deficiência de ácido fólico a longo prazo pode levar a anemia, distúrbios digestivos e risco cardiovascular aumentado. Deficiência de vitamina B6 está ligada a depressão. Selênio e vitamina C são ambos importantes para manter sistema imunológico saudável. Mulheres tomando anticoncepcionais orais devem considerar suplementos ou aumentar consumo de alimentos ricos em vitaminas para prevenir tais deficiências.