ITUs são consideradas "inferiores" ou "superiores" conforme localização. ITUs inferiores incluem infecções da uretra (uretrite) ou bexiga (cistite). ITU superior é pielonefrite (infecção renal).
Mais de 85% das ITUs resultam de infecção bacteriana, principalmente E. coli. Outras causas: vírus, fungos, vermes parasitas. Lactobacilos normalmente não causam doença. Quando envolvidos em ITU, geralmente paciente tem doença subjacente, imunidade baixa ou trato urinário anormal.
No trato geniturinário, membros comuns: L. crispatus, L. jensenii, L. iners. Raramente, L. gasseri e L. delbrueckii envolvidos em ITU.
Lactobacilos produzem ácido lático, são bactérias dominantes da flora vaginal de mulheres saudáveis. Consideradas "boas" por propriedades antimicrobianas que controlam microrganismos patogênicos. Quando ITUs não tratadas ou recorrentes, equilíbrio vaginal altera, diminuindo lactobacilos protetores. Pessoa torna-se mais vulnerável a infecção.
Fatores que afetam negativamente lactobacilos: terapia antibiótica, contraceptivos orais, histórico prévio de ITU, ciclo menstrual. Durante menstruação, número de lactobacilos reduz porque fluxo sanguíneo aumenta pH vaginal (menos ácido).
Detecção de lactobacilos na urina frequentemente resulta de contaminação durante coleta. Infecção urinária verdadeira por lactobacillus precisa ser confirmada com amostras não contaminadas. Dois procedimentos: cateterização uretral e aspiração suprapúbica.