O único método de tratar adequadamente a gastrosquise é com cirurgia imediata após o nascimento. Reparar o defeito envolve retornar o intestino exposto ao abdômen e fechar imediatamente a parede abdominal. O reparo pode ser feito imediatamente após o nascimento ou em estágios. Se feito imediatamente, apenas uma operação é necessária; se feito em estágios, o intestino exposto é colocado em uma cobertura protetora e o bebê é levado à unidade de terapia intensiva neonatal. Uma vez lá, o intestino é colocado em uma folha de silástico conhecida como "silo", que é gradualmente reduzida até que os intestinos estejam alinhados com a pele. A área exposta é então reparada cirurgicamente. O método de reparo usado depende da condição do intestino exposto após o nascimento.
A alimentação é feita gradualmente, começando intravenosamente para permitir tempo adequado de recuperação. À medida que a função intestinal começa a retornar, a evidência da qual é encontrada no primeiro movimento intestinal, nutrientes fornecidos via sonda nasogástrica (SNG) são dados em conjunto com alimentação intravenosa. Com o tempo, consumo oral de alimentos é introduzido.
Durante a recuperação, a mãe é encorajada a extrair leite materno e congelá-lo, onde é fornecido ao lactente através da sonda SNG. Suplementos adicionais podem incluir fórmulas como nutrição parenteral total, que inclui todos os itens necessários para boa saúde.
O lactente estará pronto para voltar para casa quando tolerar alimentação oral e tiver ganho de peso adequado, o que é tipicamente entre seis e doze semanas. O tempo de recuperação depende da severidade dos sintomas. Cirurgias adicionais podem ser necessárias, especialmente se o intestino se tornou mais estreito. Isso afeta cerca de 10 por cento dos lactentes com gastrosquise.
Se detectada cedo e se a cavidade abdominal do recém-nascido for grande o suficiente para acomodar os intestinos expostos, as chances de uma recuperação completa são altas. Se a cavidade abdominal for muito pequena, cirurgias adicionais podem ser necessárias, aumentando a probabilidade de complicações.