Um antígeno é um tipo de molécula que desencadeia uma resposta do sistema imunológico. Tipicamente, o sistema imunológico produz um anticorpo para combater a substância invasora, neutralizando-a ou destruindo-a. Antígenos vêm em muitas formas diferentes, variando tanto em propósito quanto em composição. O estudo de antígenos (através da imunologia) é, portanto, bastante intrincado.
Essas pequenas moléculas elicitam respostas do sistema imunológico quando ligadas a carreadores maiores. Moléculas carreadoras mais frequentemente vêm na forma de uma proteína. A ligação covalente entre essas duas moléculas elicita uma resposta imune que era anteriormente impossível apenas com o hapteno. O urushiol, por exemplo, é um alérgeno hapteno secretado pela hera venenosa em animais que passam. Sem oxidação, o urushiol não chama a atenção do sistema imunológico humano; porém, com a ligação de oxigênio para formar quinona, esse composto químico soa o alarme para os anticorpos.
Esses antígenos famosos são substâncias que causam reações alérgicas do sistema imunológico humano. Alergenos são notáveis porque apenas uma fração da população experimenta reações adversas a eles. Para essas pessoas, o sistema imunológico age de maneira que é uma enorme reação exagerada; esse ataque total a substâncias "invasoras" prejudica o hospedeiro no processo. Alguns dos alergenos mais comuns são poeira, bactérias, pólen, alimentos, medicamentos e produtos químicos sintetizados (perfumes). Por exemplo, um indivíduo sensível a ácaros da poeira produzirá reações imunes adversas, e possivelmente fatais, quando exposto a eles.
Outro tipo de antígeno, o superantígeno, é aquele que elicita uma enorme reação do sistema imunológico do corpo. Superantígenos operam estimulando numerosas células T de uma vez, alarmando o sistema imunológico e produzindo vários anticorpos não específicos para combater a intrusão. Em termos leigos, superantígenos funcionam confundindo o sistema imunológico através da ativação de muitas células T. A natureza cuidadosa e específica do sistema imunológico é desequilibrada por esse método. Como superantígenos são produzidos por micróbios nocivos, o tratamento dessas infecções frequentemente requer a remoção ou destruição do agente. Febre escarlate e artrite reumatoide estão associadas à atividade de superantígenos.
Epítopos são a porção do antígeno invasor que o sistema imunológico do hospedeiro reconhece. A identificação de um epítopo antigênico desencadeia uma resposta adequada do corpo. Mimetizar um epítopo, assim, pode ser bastante útil na estratégia de antígenos. Mimotopos são macromoléculas que mimetizam um epítopo antigênico, sinalizando uma resposta rápida para conter a "ameaça". Mimotopos são usados em vacinas para adaptar o corpo à possibilidade de uma infecção específica; isso mantém o corpo pronto sem prejudicar o hospedeiro.